Geologija Vilniaus universitete prasidėjo nuo pat universiteto užuomazgų. Jėzuitams įkūrus Vilniaus kolegiją (1570) ir Vilniaus universitetą (1579), prasidėjo gamtos, jos sudedamųjų dalių, reiškinių mokslinės paieškos, ypač vėlesniame gamtos filosofijos kurse.
1803 m. mineralogijos disciplina buvo atskirta nuo gamtos istorijos kurso ir įsteigtas mineralogijos kabinetas – tai laikoma dabartinės Geologijos ir Mineralogijos katedra įkūrimo data.
Plačiau istorija yra aprašyta prof. J. Paškevičiaus straipsnyje žurnale „Geologija” (dabar „Geologija ir Geografija„).